ไนโตรเจน (N) เป็นธาตุสำคัญและมีความจำเป็นอย่างยิ่งในการเจริญเติบโตของพืช เพราะไนโตรเจนเป็นองค์ประกอบของกรดอมิโน โปรตีน นิวคลีโอไทด์ และคลอโรฟิลล์ ซึ่งสารเหล่านี้เป็นสารประกอบที่สำคัญมากต่อขบวนการเมตาโบลิซึมของพืช พืชที่ได้รับไนโตรเจนเพียงพอจะเจริญเติบโตดี มีใบสีเขียวเข้มในพืชผัก ไนโตรเจนมีส่วนสำคัญในการเพิ่มคุณภาพเพราะเป็นตัวทำให้ผักมีลักษณะอวบน้ำ พืชผักรับประทานต้นหรือใบจึงต้องการไนโตรเจนสูง เพื่อให้ต้นและใบมีความกรอบ มีกากหรือเส้นใยน้อย ซึ่งเป็นลักษณะที่ผู้บริโภคต้องการไนโตรเจนที่เป็นประโยชน์ต่อพืชจะอยู่ในรูปแอมโมเนียมอิออน (NH4+) และไนเตรท อิออน (NO3-) แต่ไนโตรเจนส่วนใหญ่ในสารละลายจะอยู่ในรูปไนเตรทอิออน เพราะแอมโมเนียม อิออนในปริมาณมากจะเป็นอันตรายต่อพืชได้ สำหรับยูเรียแม้จะมีอยู่ในธรรมชาติแต่พืชดูดไปกินได้น้อย ในการปลูกพืชแบบไฮโดรโพนิกส์ควรมีสัดส่วนที่เหมาะสมระหว่างแอมโมเนียม อิออนและไนเตรทอิออน ปริมาณแอมโมเนียมอิออนไม่ควรเกินร้อยละ 50 ของความเข้มข้นของไนโตรเจนทั้งหมดในสารละลาย แต่สัดส่วนที่เหมาะสมมักใช้ไนเตรทอิออนร้อยละ 75 และแอมโมเนียมอิออนร้อยละ 25 สารเคมีที่ให้ไนเตรทอิออน คือ แคลเซียมไนเตรท และโพแทสเซียมไนเตรท พืชที่ขาดไนโตรเจนจะมีลำต้นเล็กแคระแกร็น ใบอ่อนเล็กเรียว ใบแก่มีสีเหลืองซีด ถ้าขาดเป็นเวลานานใบทั้งหมดจะมีลักษณะสีเหลืองซีดและแห้งตายในที่สุด แต่ถ้าพืชได้รับในปริมาณมากเกินไปพืชจะอ่อนแอ บอบบาง หักโค่นได้ง่าย ในพืชผักถ้าพืชได้รับไนโตรเจนช้าหรือเร็วไป พืชหัวคุณภาพของรากและหัวเลวลง เช่น ในหอมหัวใหญ่ จะมีหัวที่ใหญ่ขึ้นแต่มีน้ำหนักเบา หัวไม่แบนและเน่าง่าย